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L’ISMER possède plusieurs infrastructures de recherche lui permettant de se positionner comme chef de file dans le vaste domaine des sciences de la mer. En plus d’un parc d’instruments océanographiques hautement performants et d’ordinateurs puissants pour la modélisation, les chercheurs et les étudiants de l’ISMER disposent d’équipements de pointe en géologie marine, en chimie analytique, en microscopie électronique et en analyse de particules ainsi que deux infrastructures majeures : le CORIOLIS II, un navire de recherche océanographique équipé des derniers développements technologiques et la station aquicole de Pointe au Père, la plus vaste station marine de recherche au Québec.