Les chercheurs en océanographie biologique de l'ISMER s’intéressent aux organismes et microorganismes vivants dans le milieu marin, comme le plancton, les algues, les crustacés, les mollusques, les poissons et les mammifères. Leurs recherches touchent notamment :

• les relations trophiques entre ces organismes et les facteurs qui peuvent déséquilibrer ces relations, comme le changement de climat et la pollution;
• les interactions et l’évolution des espèces en fonction des paramètres physiques, chimiques et géologiques du milieu;
• l’influence des perturbations anthropiques et naturelles sur la biodiversité;
• l’aquaculture (physiologie, génétique, développement, etc.);
• les systèmes d’exploitation halieutiques.

Les chercheurs en océanographie chimique de l'ISMER s’intéressent aux processus chimiques dans l’eau et les sédiments marins. Leurs recherches touchent notamment :

• les origines et le sort des constituants chimiques des eaux océaniques;
• les réactions chimiques qui se produisent en milieu marin;
• les effets des contaminants (organiques ou non) et leur distribution;
• les échanges gazeux entre l’atmosphère et l’océan.

Les chercheurs en géologie marine de l'ISMER s’intéressent à l’évolution du fond marin, c’est-à-dire à la nature des sédiments, les mécanismes de leur mise en place et l’historique de leur accumulation. Leurs recherches touchent notamment :

• la formation des bassins océaniques, des chaînes de montagnes, des fosses, des volcans sous-marins;
• la façon dont les sédiments sont transportés, soulevés et distribués, pour former îles et continents;
• la reconstitution paléoclimatique et paléoenvironnementale à partir de l’étude des propriétés minéralogique, géochimique et/ou magnétique des sédiments.

Les chercheurs en océanographie physique de l'ISMER s’intéressent aux mouvements de l’eau en fonction de différents facteurs, comme la marée, les vents, les variations de débit d’eau douce, ainsi qu’aux variations dans l’espace et le temps. Leurs recherches touchent notamment :

• la formation des vagues;
• les gradients de salinité et de densité;
• les variations de température;
• les échanges d’énergie entre l’air et la mer;
• la formation de zones de turbulences;
• les phénomènes connexes entre l’océan et la température (changements climatiques mondiaux, El Niño, ouragans et typhons).